第三十一集
时间过了两年，德久准备行李，到济州去看长今。长今专研医术已经稍有成就，随时可以独自帮病患把脉开立药方，但是因为曾经帮张德施针出过很大的差错，因此对于施针迟迟不敢再度尝试。德久因为晕船严重，被人背到官衙药局，长今以熏疗法治疗德久，德久终于渐渐苏醒，德久与长今两人久别重逢，感慨万千……当闵政浩与张德离开济州到牛岛去的时候，倭寇突袭济州。倭寇主将生病急需大夫诊疗，长今被逼上阵施针，终于成功治愈倭将并且协助闵政浩击退倭寇……
第三十二集
长今被义禁府的官员押送到京城，济州牧使呈给皇上的奏折内容谎称长今内通倭寇。因此，长今受到义禁府官员拷问，幸好闵政浩挺身而出说出真相，长今才得以脱离险境。当长今知道闵政浩不愿意留在京城，想要再度回到济州去，长今劝闵政浩要留在宫内担任京官职务为国效力，长今在回济州的途中，到埋葬韩尚宫娘娘的地方拜别韩尚宫。因缘际会遇到一户官宦子弟，并且替他根治久年不愈的陈疾得知宫廷即将举行医女选拔，立刻赶回宫去参加选拔，郑云白为当时主考官之一，希望长今舍弃仇恨之心，以仁心仁术行医。德久在得知长今高中金榜，欣喜若狂，长今也正式入宫接受医女训练……
第三十三集
长今正式开始接受医女教育训练，遇到一位严厉的医学教授。对于长今在途中帮一位户判大人的公子治病事情相当不满，因此还没开始正式上课，就被教授视为眼中钉，此后教授更是处处难为长今，虽然长今表现优异，不过申教授对于长今始终不假辞色，申教授的考试等级分为五等，如果得到三个不通就会被淘汰，长今已经被申教授记了两个不通，万一这次的考试再不通过就必须要被淘汰……
第三十四集
长今与信非相互激励，努力学习，成为医女训练班的最优秀学生。张德远从济州来看长今，长今喜出望外，同时郑云白也带来一个坏消息：告知长今已经得到三个不通，显然不能留在宫廷做医女。原来是李教授公报私仇，故意刁难长今和信非。申教授虽然据理力争，却被李教授威胁，万不得已申教授决定让所有的医女训练生，不通过这次的考验，惹恼了督提调，督提调决定亲自来检定这批医女，意外发现长今等人非常杰出，长今终于如愿以偿进入内医院做医女，开始崭新的生活……
第三十五集
皇后娘娘突然有流产迹象，内医院召集所有相关人员开紧急会议，此时御膳厨房最高尚宫也进入内医院开会，长今和今英终于相遇。多年不见，竟然在这样的场合，并且各以不同的身分相见，两人难免震惊。当崔尚宫见到长今回到宫廷来，也忍不住惊讶与愤怒。内医正郑允寿居心不良请崔尚宫放心，并且答应崔尚宫尽快想办法将长今逐出宫廷。皇后娘娘身体一直没有好转，长今虽然对于内医院第一医女阿烈的诊脉持有不同的意见，但是只能在心中存疑不敢明说……
第三十六集
皇后娘娘自从小产之后，身体一直无法恢复健康。内医院诸位医官以及医女甚为忧心，却又苦无其它办法。此时，信非将长今与阿烈的诊脉结果并不相同的事实告知申主簿，申主簿大为惊讶，认为此事非同小可，内医院紧急开会并且决定由长今和阿烈重新再来诊断一次，阿烈认为皇后娘娘的脉象是牢脉，而长今则是把出散脉，散脉意谓皇后娘娘的腹中还有死胎，但是大家分明亲眼见到皇后娘娘已经产出死胎，万一娘娘腹中真有死胎，除非娘娘怀的是双胞胎，但是皇室内从未有过双胞胎前例，但是郑云白相信长今为皇后所把的脉，并且决定使用佛手散芎归汤，皇后娘娘终于产出另一个死胎恢复健康，众人对长今的把脉正确而另眼相看……
第三十七集
太后娘娘陈年老疾日益严重，此时又听信崔尚宫的谗言，不愿意接受申主簿的治疗，并且不假辞色斥责中宗退出太后殿。中宗与皇后为此烦忧不已……并且决定先罢除申主簿医官之职，以求太后息怒。如果太后还是不肯接受治疗，中宗甚至准备再设昭格署恢复功臣田，只求太后娘娘接受治疗。长今眼看申主簿即将被撤销官职，不顾性命危险，希望与太后娘娘对弈，以自己的性命作为赌注。太后对于长今的胆识与急智甚为慑服，决定给长今一次机会，但是当太后决定接受治疗时，却已错过最佳治疗时机，深受病痛之苦，连汤药都无法喝下，不但惊动宫廷，甚至中宗也闻风赶到太后殿……
第三十八集
皇后怀念过去长今所做荞麦年糕的美味…请长今再度展现手艺，长今满怀兴奋诚心准备。皇后娘娘吃到美味的荞麦年糕，心满意足称赞有加，今英看在眼里怀恨在心，因此吩咐阿烈必须要想法子将长今赶出宫外。此时，传来京城附近爆发疫病，中宗甚为震惊，派监赈御使以及医官和医女等人到疫区为百姓治病，长今被阿烈陷害被派至疫区，当疫区病情无法控制京城下令要封锁整个村子，阿烈又故意不告知长今，将长今与疫区村民一起封锁在村子里面，无法离开，长今万念俱灰……未料闵政浩发现长今没有及时到达集合地点，回到村子来找长今……
第三十九集
长今一个人被留在封锁的村庄里面。而当长今知道自己是被刻意遗弃在疫区，长今失望伤心，难掩悲痛。闵政浩除了安慰长今，同时打算带长今离开疫区，不过村内的百姓有些人病痛；还有些人是照顾病患的一般村民，长今又怎么忍心丢弃这些人独自离开？因此决心留在疫区照顾村民。闵政浩也快马加鞭到各处去找寻药材，甚至将张德带回疫区一起照顾疫区病患。长今发现菜园里面的蔬菜都腐烂，而且扩及各地，与张德讨论过后得到结论，百姓们并不是得了传染疫病，而是因为吃下病变的蔬菜引发的食物中毒，立即回宫禀报这件事实，崔尚宫却认为这只是长今与闵政浩搪塞延迟回宫的理由，并且决定亲自尝试食用腐烂的蔬菜，确认长今所言是否属实……
第四十集
闵政浩与长今因为没有在规定时间内到达集合地点受到处分，闵政浩被罢除官职，幸由一位隐居草野的官员详细写了一封文情并茂的上疏给中宗，中宗得知其中原委，立即召回闵政浩并且予以升迁，而长今也因闵政浩力保得以继续留在内医院。连生怀孕的消息传开，并被册封牒纸为从四品淑媛娘娘，而内医院指定由阿烈负责照顾连生，阿烈明知连生身体状况不适，有风热症状，却告知连生只是孕妇血虚症状，让连生吃下不该吃的食物，目的只是希望造成连生小产，幸好长今听连生诉说自己的病状时，再度替连生诊脉，查出原因告知申主簿，希望可以挽回连生肚子里的小孩……