第四十一集
长今识破阿烈的诡计，立即上报申主簿，申主簿等人经过再度诊脉得知连生并不是血虚引起晕眩头痛等症状；而是因为风热所引起，阿烈的行为虽然引起申主簿强烈的质疑，不过阿烈坚持否认事先知道连生的状况，因此也只能让阿烈自我反省，今英知道自己无法挽回闵政浩的心意，决定与闵政浩情断义？但是难掩心中失落与伤痛……长今为了替韩尚宫洗却污名怨恨，决定去偷内书库的皇上病簿日志手抄，希望日后好好研究，未料却被内侍府的内侍盘查，长今情况危急，幸有张尚膳出面保住长今……
第四十二集
崔尚宫对于张尚膳保住长今非常气愤不满，因此透过崔判述找到内需司的内侍不法情事加以威胁，逼内侍说出长今违反宫廷法道的事实。内医正等人对于皇上的病情迟迟无法找出正确的原因，崔尚宫和今英为了讨好皇后娘娘，特地献上远从大明国带来的稀世补品猴头菇熬汤献给中宗，未料中宗食用之后，当夜再次昏倒。内医正顺水推舟将中宗昏倒的原因归咎到御膳厨房，今英立刻被软禁在内需司，而崔尚宫则是气急败坏的找崔判述帮忙，认为这是内医正的误诊，才会导致中宗昏厥，不过这次的事情与上次中宗昏倒的事情环环相扣，崔尚宫等人也不敢太张扬，长今被内需司的人捆绑带离出宫，性命危在旦夕……
第四十三集
长今因皇后娘娘的密令得以延续性命，不过必须要找出中宗的病因，在这之前要先到多栽轩隐居研究中宗病情。能够让长今在瞬间转危为安是因为闵政浩在紧急时分想出来的好法子，闵政浩又请来张德陪同长今一起治疗伤寒病患，也希望长今从治疗这些病患当中，得到一些可以治疗中宗的启示。中宗再次昏倒，郑允寿用过去同样的方法，陷害是膳食方面出了问题，这次轮到今英和崔尚宫等人被关进义禁府，长今终于研究出可以治疗疑似伤寒病症的妙方，如果将这妙方公诸出来，就可以让崔尚宫和今英脱离险境，此时，长今心中犹豫，不知道该如何下定决心……
第四十四集
郑允寿翻遍医书找寻中宗的病因，申主簿与郑主簿也认真查询中宗病因，当内医院得知长今回到宫廷来，莫不惊讶！尤其当长今说出中宗的病状，却不知病名为何，郑允寿断定这就是西汉张仲景金匮要略书中所提及的狐惑病，并且说出处方，却与长今的处方大相径庭，皇后正在犹豫不决之时，吴兼护等人力挺郑允寿，因此决定用郑允寿的处方治疗中宗，未料中宗腹痛难耐长今所预言的病症一一出现，因此皇后决定信任长今，让长今放手一博治疗中宗，但是中宗又出现了失明的症状，皇后又急又气下令将长今与闵政浩抓起来予以严厉惩处……
第四十五集
长今治好了中宗的眼疾，皇后喜出望外，中宗对长今也是另眼相看，从此皇后对于长今更是信任依赖，而内医正内心愧疚，难以平复终至自尽崔尚宫等人因内医正自尽，认为事情总算告一段落，未料长今告知手中握有内医正死前写给长今的遗书，希望崔尚宫等人自己说出真相，诚心向韩尚宫和母亲请求原谅，不过崔尚宫等人对于长今握有内医正遗书半信半疑，并且积极安排令路离开宫廷，以绝后患，吴兼护终于查出崔尚宫家族和长今之间长久以来的恩怨是非，不愿意牵涉其中，准备劝说令路到义禁府将事实真相揭晓，以定崔尚宫等人罪行……
第四十六集
尹尚宫带着崔尚宫给她的银票和吴兼护右相给她的银票去找长今，希望藉由协助长今定崔尚宫等人的罪行而保障自己未来可以登上提调尚宫的位置，长今明确告知，她不接受任何不正当的交易，当尹尚宫决定到司宪府告发崔尚宫等人的罪状途中却被崔判述手下掳走，崔尚宫使出反奸让尹尚宫和阿烈等人将所有的罪行导向吴兼护所为，并且杀死尹尚宫企图脱罪，甚至先到太后娘娘处告状要将吴兼护等人连根拔除，而当太后得知长今手中握有内医正的遗书要求长今交出来，长今只好承认自己并没有内医正遗书，此时，崔尚宫更是志得意满，认为自己已经胜券在握。中宗下令要求全面清查硫磺鸭子事件，在大司宪的主导下，所有关联硫磺鸭子事件的人必须到场说明当时情况，会议途中，赫然见到死去的内医正出现，引起众人诧异……
第四十七集
内医正出现之后，硫磺鸭子事件总算水落石出，沉寂多年的案子告一段落，而崔尚宫还是不肯接受事实，做最后的挣扎，使尽方法希望见到太后娘娘和中宗，却不得其门而入，一个人独自到明伊的坟前将自己多年来埋藏心底的话诉说给明伊，除了希望得到明伊的谅解，但是也表示会继续这场战争，当崔尚宫准备到义禁府替今英脱罪时，不慎摔落山谷，终于身亡...而吴兼护、朴副兼崔判述和今英以及内医正和阿烈等人都被判刑或流配或罢职……中宗大喜，除了奖赏长今之外也答应长今恢复韩尚宫以及长今母亲的身分，并且让长今了却多年来的心愿，暂时代理御膳厨房的最高尚宫职位……
第四十八集
中宗问及长今是不是多年前送酒的小朋友，长今称是，中宗大喜认为这真是奇妙的因缘...并且答应长今的要求到活人署去工作。最近以来闵政浩对长今甚是冷漠，长今百思不得其解终于忍不住向闵政浩倾诉思念之情，原来闵政浩只是希望长今也要尝尝甚么是思念之苦，两人相对开怀大笑感觉彼此的心意。闵尚宫经过御膳竞赛，赢得御膳厨房最高尚宫的职位，战战兢兢准备皇上膳食未料却得到中宗的赞赏，喜出望外……皇后命长今回宫，希望长今照顾世子病情，经过至密尚宫的解释，长今得知皇后的另一层意思，长今陷入痛苦，最后选择逃离此地，要求闵政浩带她一起离开这是非之地……
第四十九集
中宗得知皇后下令要求长今做长今宁死也不愿意做的事情，便下令任命长今为中宗的主治医官，引起宫廷轩然大波。闵政浩与长今准备搭船离开时，副官和右议政快马加鞭赶来，阻止闵政浩去路，右议政对闵政浩晓以大义，希望闵政浩和长今都回到宫廷，而且要求长今拒绝皇上的任命，闵政浩却坚持希望长今接受中宗旨意，唯有这样长今才是做原来的自己，当长今接受中宗的旨意，果然朝廷一片混乱，众多儒生群起反抗，中宗却坚持己见，不愿意改变心意，连生被太后和皇后叫到中宫殿，太后厉声责问连生为甚么安排中宗与长今单独对谈之事，连生一时心急紧张不安，引起早产，幸好长今细心照料连生度过生死难关顺利产下小公主，宫中洋溢一片喜悦……
第五十集
庆源大君突然生病，高烧不退，引起内医院一阵惊慌，而长今坚持婉拒担任中宗的主治医官，闵政浩对长今如此轻易放弃感到遗憾，此时京城已经开始传出痘疮病症，长今深入乞丐的住处，愿意一个人和患有痘疮的小朋友被隔离在茅屋，专心替孩童治病，内医院禀报中宗和皇后，庆源大君的症状正是痘疮，皇后痛哭流涕，亲自出宫找寻长今，此时虽然长今已经治好痘疮的孩童，但是并不知道确切的病因，奉皇后之命回宫之后，与所有内医院医官和医女一心一意同心协力，治疗庆源大君，庆源大君终于康复，完成困难的使命，皇后对长今另眼相看，对过去自己所犯下的错误请求原谅，而中宗也不顾朝廷众臣反弹，执意要任命长今为从六品主簿……